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中国科学家ldquo联合预测模型r

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  年3月15日,生物医学中心(BioMedCentral)旗下《乳腺癌研究》(BreastCancerResearch)杂志正式发表了医院、复旦大学上海医学院、医院的《全转录组分析确定三阴性乳腺癌新分子亚型和亚型特异性RNA》研究成果。

  目前早期乳腺癌基本治愈已成为可能,但是要想继续提高治疗效果绝非易事。如今随着乳腺癌诊断水平的提高,不同亚型疗法不同,如通过“分类而治”的方法就可大幅度提高乳腺癌的治疗效果。乳腺癌分为管腔A、管腔B、HER2和三阴性乳腺癌等四类,其中三阴性乳腺癌占乳腺癌总量的18%左右。“三阴性”是指肿瘤细胞缺乏雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)、人表皮生长因子受体2(HER2)等3种常见的存在于乳腺癌细胞的受体。三阴性乳腺癌易复发和转移,被公认为是治疗效果最差、争议最多的一特殊亚型,具有向远处转移,尤其向内脏转移和脑转移机率较高的特点。目前,因其内在基因分型、复发转移模式、优势治疗方案均不明确,且没有已知的治疗靶点,是近年来国际上乳腺癌基础研究与临床实践的焦点与难点,一直未能取得实质性的突破。由于没有明确的治疗靶点,当前唯一有效的系统治疗只有化疗。但是,并非所有的三阴性乳腺癌患者对同样的化疗方案都敏感,其中相当一部分患者虽承受了化疗的毒副作用带来的痛苦,却因“盲目”化疗产生耐药而无效,3年复发率高达40%~50%。因此,临床医生亟需找到一种工具可以区分出不同三阴性乳腺癌的复发转移风险,以及能够寻踪到敏感化疗药物的方案。

  为此,医院、复旦大学上海医学院、医院利用全转录组芯片技术,先是对例三阴性乳腺癌患者的基因表达情况进行检测,后又用同样的方法对例三阴性乳腺癌患者进行验证,终于从浩大的数据中筛选出三阴性乳腺癌特异的基因集合,并据此创建了“联合预测模型”,该模型可以准确地将三阴性患者区分为高复发风险组和低复发风险组,并可以有效预测患者对常用化疗药物紫杉类敏感与否。最终检测和验证表明,例三阴性乳腺癌的基因表达显示,30%属于高复发风险者,70%属于低复发风险者,而高复发风险者对紫杉类药物化疗是不敏感的。该模型为三阴性乳腺癌患者有效避免盲目治疗,采用个体化临床治疗决策提供了重要的参考。

BreastCancerRes.Mar15;18(1):33.

Comprehensivetranscriptomeanalysisidentifiesnovelmolecularsubtypesandsubtype-specificRNAsoftriple-negativebreastcancer.

LiuYR,JiangYZ,XuXE,YuKD,JinX,HuX,ZuoWJ,HaoS,WuJ,LiuGY,DiGH,LiDQ,HeXH,HuWG,ShaoZM.

FudanUniversityShanghaiCancerCenter,Dong-AnRoad,Shanghai,,P.R.China;ShanghaiMedicalCollege,FudanUniversity,Dong-AnRoad,Shanghai,,P.R.China;InstitutesofBiomedicalSciences,FudanUniversity,Shanghai,P.R.China.

BACKGROUND:Triple-negativebreastcancer(TNBC)isahighlyheterogeneousgroupofcancers,andmolecularsubtypingisnecessarytobetteridentifymolecular-basedtherapies.Whilesomeclassifiershavebeenestablished,noonehasintegratedtheexpressionprofilesoflongnoncodingRNAs(lncRNAs)intosuchsubtypingcriterions.ConsideringtheemergingimportantroleoflncRNAsincellularprocesses,anovelclassificationintegratingtranscriptomeprofilesofbothmessengerRNA(mRNA)andlncRNAwouldhelpusbetterunderstandtheheterogeneityofTNBC.

METHODS:Usinghumantranscriptomemicroarrays,weanalyzedthetranscriptomeprofilesofTNBCsamples.Weusedk-meansclusteringandempiricalcumulativedistributionfunctiontodetermineoptimalnumberofTNBCsubtypes.GeneOntology(GO)andpathwayanalyseswereappliedtodeterminethemainfunctionofthesubtype-specificgenesandpathways.Weconductedco-expressionnetworkanalysestoidentifyinteractionsbetweenmRNAsandlncRNAs.

RESULTS:AlloftheTNBCtumorswereclassifiedintofourdistinctclusters,includinganimmunomodulatorysubtype(IM),aluminalandrogenreceptorsubtype(LAR),amesenchymal-likesubtype(MES)andabasal-likeandimmunesuppressed(BLIS)subtype.TheIMsubtypehadhighexpressionsofimmunecellsignalingandcytokinesignalinggenes.TheLARsubtypewascharacterizedbyandrogenreceptorsignaling.TheMESsubtypewasenrichedwithgrowthfactorsignalingpathways.TheBLISsubtypewascharacterizedbydown-regulationofimmuneresponsegenes,activationofcellcycle,andDNArepair.Patientsinthissubtypeexperiencedworserecurrence-freesurvivalthanothers(logranktest,P=0.).Subtype-specificlncRNAswereidentified,andtheirpossiblebiologicalfunctionswerepredictedusingco-expressionnetworkanalyses.

CONCLUSIONS:WedevelopedanovelTNBCclassificationsystemintegratingtheexpressionprofilesofbothmRNAsandlncRNAsanddeterminedsubtype-specificlncRNAsthatarepotentialbiomarkersandtargets.Iffurthervalidatedinalargerpopulation,ournovelclassificationsystemcouldfacilitatepatientcounselingandindividualizetreatmentofTNBC.

KEYWORDS:Longnon-codingRNA;MessengerRNA;Molecularsubtypes;Transcriptomeanalysis;Triple-negativebreastcancer

PMID:

DOI:10./s---8

PMCID:PMC

?乳腺癌研究

医院



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